Dalla Riserva forestale alla torbiera, passando per bandite di caccia cantonali e Zone Smeraldo o di protezione del paesaggio, il territorio del Parco è caratterizzato da ampi comparti già oggetto di tutela, e da ca. 300 piccoli biotopi (zone golenali, paludi, torbiere alte e intermedie, prati e pascoli secchi, siti di riproduzione e di rifugio per anfibi, uccelli e pipistrelli) inseriti in inventari di importanza nazionale e cantonale. La competenza e gestione di tali oggetti spetta a Confederazione e Cantone con i quali il Parco, d'intesa con gli attori locali, ha già avviato in questi anni diversi studi e programmi, a sostegno della gestione operativa di alcuni oggetti di inventario federale quali i Prati magri del Pizzo Leone e di Gresso o le paludi di importanza nazionale di Arcegno. Progetti questi che potranno ulteriormente concretizzarsi ed evolversi nel corso della fase di gestione decennale.